Keinginan untuk mengembangkan institusi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kendari tentunya sudah menjadi tekad bersama bagi seluruh stakeholder yang ada. Dan salah satu wujud pengembangan dimaksud adalah keinginannya untuk menyelenggarakan jenjang pendidikan strata dua (S2) atau Pascasarjana secara mandiri. Untuk mewujudkan hal tersebut, Pimpinan IAIN Kendari membentuk tim kerja (team work) yang diberi tugas mendesain visibility study dalam sebuah proposal Pendirian Pascasarjana. Dalam waktu tidak terlalu lama, hasil kerja tim perintis mulai terlihat dengan tersusunnya draft proposal pendirian pascasarjana yang selanjutnya diajukan kepada pihak Kemnterian Agama RI. Cq. Direktur Jenderal Pendidikan Islam.
Alasan IAIN Kendari mengajukan Proposal Izin Penyelenggaraan Pascasarjana setelah menyadari diri bahwa dalam semua hal yang dipersyaratkan secara administratif secara internal sudah terpenuhi bahkan melebihi dari yang dipersyaratkan. Tenaga pengajar Dosen yang dimiliki IAIN Kendari pada saat mengajukan proposal Penyelenggaraan Pascasarjana sebanyak 21 orang yang berkualifikasi pendidikan Doktor (S3). Tenaga administrasi pengelola nyaris tidak mengalami kesulitan karena penugasannya menjadi kewenangan penuh pimpinan IAIN.
Aspek sarana dan prasarana yang tersedia di IAIN Kendari juga tergolong memadahi. Apalagi dengan selesainya pembangunan gedung perkuliahan terpadu maka praktis gedung perkuliahan Jurusan Syariah dialihkan menjadi Gedung Pascasarjana IAIN Kendari. Kondisi bangunan dan ruangannya sangat representatif untuk digunakan ruang kuliah pascasarjana karena selain ber-AC juga dilengkapi dengan perangkat pembelajaran berbasis teknologi informasi (TI).
Setelah melalui dua kali presentasi tim di Kementerian Agama RI, yang selanjutnya dilakukan pendampingan oleh salah satu tenaga dari Direktur Pendidikan Tinggi Islam untuk mempertajam visibility study dan menentukan keunggulan, maka sepakat untuk memilih Program Magister Manajemen Pendidikan Islam dengan keahlian kajian Manajemen Leadership Pendidikan Islam. Setelah menentukan jenis Progran Studi dan konsentrasi keahliannya, selanjutnya dilakukan pengajuan ulang ke Dirjen Pendidikan Islam Cq. Direktur Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama RI. Tidak lama kemudian, keluarlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1850 tahun 2013 tentang Izin Penyelenggaraan Pascasarjana IAIN Kendari. Dengan keluarnya ijin operasional penyelenggaraan Pascasarjana dimaksud, maka secara resmi IAIN Kendari diberikan kewenangan untuk mulai melakukan penerimaan calon mahasiswa pascasarjana tahun akademik 2013/2014. Kini Pascasarjana IAIN Kendari telah memiliki 4 (empat) program studi yaitu: Manajemen Pendidikan Islam, Pendidikan Agama Islam, Hukum Islam, Ekonomi Syariah.