Keinginan untuk mengembangkan institusi Agama Islam Negeri (IAIN) Kendari tentunya sudah menjadi tekad bersama bagi seluruh stakeholder yang ada. Dan, salah satu wujud pengembangan dimaksud adalah keinginannya untuk menyelenggarakan jenjang pendidikan strata dua (S2) atau Pascasarjana secara mandiri. Untuk mewujudkan hal tersebut, Pimpinan IAIN Kendari membentuk tim kerja (team work) yang diberi tugas mendesain visibility study dalam sebuah proposal Pendirian Pascasarjana. Dalam waktu tidak terlalu lama, buah kerja tim dimaksud mulai terlihat dengan tersusunnya draft proposal pendirian Pascasarjana yang selanjutnya diajukan kepada pihak Kementerian Agama RI. c.q. Direktur Jenderal Pendidikan Islam.

Alasan STAIN Kendari mengajukan proposal Ijin Penyelenggaraan Pascasarjana setelah menyadari diri bahwa dalam semua hal yang dipersyaratkan secara administratif secara internal sudah terpenuhi bahkan melebihi dari yang dipersyaratkan. Tenaga pengajar Dosen yang dimiliki STAIN Kendari pada saat mengajukan proposal Penyelenggaraan Pascasarjana sebanyak 21 orang yang berkualifikasi pendidikan Doktor (S3). Tenaga administrasi pengelola nyaris tidak mengalami kesulitan karena penugasannya menjadi kewenangan penuh pimpinan STAIN.

Pascasarjana STAIN Kendari berdiri tahun 2013 ditandai dengan diterbitkannya izin penyelenggaraan Pascasarjana STAIN Kendari melalui keputusan Dirjen Pendidikan Islam c.q. Direktur Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama RI nomor 1850 tanggal 17 Juli 2013 tentang Izin Penyelenggaraan Pascasarjana Program Master pada STAIN Kendari dengan program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Penerimaan calon mahasiswa Pascasarjana tahun akademik 2013/2014 untuk program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dengan jumlah pendaftar 21 orang Pendaftar.

Aspek sarana dan prasarana yang tersedia di STAIN Kendari kala itu juga tergolong cukup memadai. Apalagi dengan selesainya pembangunan gedung perkuliahan terpadu maka praktis gedung perkuliahan Jurusan Syariah dialihkan menjadi Gedung Pascasarjana STAIN Kendari. Kondisi bangunan dan ruangannya sangat representatif untuk digunakan ruang kuliah Pascasarjana karena selain ber-AC juga dilengkapi dengan perangkat pembelajaran berbasis teknologi informasi

Setelah melalui dua kali presentasi tim di Kementerian Agama RI oleh bapak Dr. Supriyanto, MA, yang selanjutnya dilakukan pendampingan oleh salah satu tenaga dari Direktur Pendidikan Tinggi Islam untuk mempertajam visibility study dan menentukan distingsinya, maka sepakat untuk memilih Program Magister Manajemen Pendidikan Islam dengan keahlian kajian atau distingsinya Manajemen Leadership Pendidikan Islam.

Setelah menentukan jenis program studi dan konsentrasi keahliannya, selanjutnya dilakukan pengajuan ulang ke Dirjen Pendidikan Islam c.q. Direktur Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama RI. Tidak lama kemudian, keluarlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1850 tahun 2013 tentang Izin Penyelenggaraan Pascasarjana STAIN Kendari. Dengan keluarnya ijin operasional penyelenggaraan Pascasarjana dimaksud, maka secara resmi STAIN Kendari diberikan kewenangan untuk mulai melakukan penerimaan calon mahasiswa Pascasarjana tahun akademik 2013/2014 untuk program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI).

Seiring berjalannya waktu, STAIN Kendari mengalami perubahan/alih Status menjadi IAIN Kendari sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 145 tahun 2014 tentang Perubahan STAIN Kendari menjadi IAIN Kendari serta Peraturan Menteri Agama Nomor 09 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Kendari maka resmilah STAIN Kendari beralih status menjadi IAIN Kendari yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama RI Bapak Lukman Hakim Saifuddin pada tanggal 7 Maret 2015 dan selanjutnya Bapak Dr. H. Nur Alim, M.Pd. diangkat menjadi Rektor dan Bapak Dr. Supriyanto, MA dilantik menjadi Direktur Pascasarjana IAIN Kendari periode 2015-2019 sesuai Keputusan Rektor IAIN Kendari Nomor: 0053 Tahun 2015 tanggal 17 Maret 2015.

Dalam kurun waktu satu tahun berjalan Pascasarjana IAIN Kendari membuka tiga (3) program studi baru yakni Pendidikan Agama Islam (PAI) melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 544 tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) Pascasarjana IAIN Kendari, Akhwal Al-Syakhshiyyah (AS) dan Ekonomi Syariah (ES) melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1111 tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Akhwal Al-Syakhshiyyah (AS) dan Ekonomi Syariah (ES) Pascasarjana IAIN Kendari. Pada Tahun 2019 merupakan peralihan kepemimpinan dengan pergantian Rektor dari Bapak Dr. H. Nur Alim, M.Pd diserahkan kepada Ibu Prof. Dr. Faizah B. Awad, M.Pd. selaku Rektor Baru IAIN Kendari masa jabatan 2019-2024. Begitu pula dengan Direktur Pascasarjana IAIN Kendari terjadi pergantian masa jabatan dari Bapak Dr. Supriyanto, MA kepada Bapak Dr. La Ode Abdul Wahab, S.Ag., M.Pd., selaku Direktur Pascasarjana IAIN Kendari periode 2019-2023.

Pada tahun 2023 pimpinan IAIN Kendari kembali berganti dengan dilantiknya Prof. Dr. Husain Insawan, M.Ag. sebagai Rektor IAIN Kendari Periode 2023-2027 dan Direktur Pascasarjana di amanahkan kepada Dr. La Hadisi, S.Ag., M.Pd.I.

Di Tahun yang sama Pascasarjana IAIN Kendari kembali membuka Program Studi Baru yaitu Program Studi Pendidikan Bahasa Arab melalui surat keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tanggal 7 September 2022. Dengan keluarnya SK tersebut, program pascasarjana IAIN Kendari dinyatakan telah memenuhi syarat untuk menyelenggarakan kegiatan tridarma perguruan tinggi pada Prodi Magister PBA.

Dengan demikian, saat ini Pascasarjana IAIN Kendari telah memilik Lima Program Studi. Yaitu, Manajemen Pendidikan Islam, Pendidikan Agama Islam, Ahwal Al-Syakhshiyyah, Ekonomi Syariah dan Pendidikan Bahasa Arab.

Visi Pascasarjana IAIN Kendari, “Menjadi Pusat Kajian Keislaman yang Bertaraf Internasional dan Berwawasan Transdisipliner di Kawasan Asean Tahun 2045″.

Misi Pascasarjana IAIN Kendari

• Menghasilkan lulusan magister yang berkualitas dan berdaya saing internasional sesuai dengan tuntutan zaman, yang memiliki integritas tinggi dengan bercirikan keimanan dan ketakwaan kepada Allah swt., berakidah Islam dan bermoral luhur.
• Menyelenggarakan pendidikan tingkat magister (S2) dengan standar internasional melalui sistem manajemen yang efektif, efisien, transparan, dan berbasis akuntabilitas, guna mencetak lulusan yang kompeten dan berdaya saing global dalam kajian keislaman yang berwawasan transdisipliner.
• Mengembangkan gagasan baru sebagai sumbangsih bagi perkembangan dunia keislaman dalam bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di tingkat regional dan internasional, melalui pendekatan empiris, fenomenologis, serta pemanfaatan teknologi dan digitalisasi.
• Membangun jejaring kerja sama dan kemitraan strategis dengan institusi akademik, industri, dan lembaga keislaman di tingkat nasional dan internasional.