Audit Mutu Internal (AMI) merupakan salah satu instrumen utama dalam implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di lingkungan Pascasarjana IAIN Kendari. AMI dilaksanakan secara periodik setiap tahun akademik untuk menilai kesesuaian dan efektivitas pelaksanaan standar mutu, serta untuk mendorong budaya mutu berkelanjutan di tingkat program studi maupun unit layanan akademik dan administratif.